保护区位于新疆东南边界于青海、西藏交界部分，为一高山环绕的封闭性盆地，北侧为昆仑山脉东段的北支脉祁曼塔格山脉、阿尔金山脉，南侧为昆仑山脉的中支脉阿尔喀塔格山脉、求勉力克山脉，中间为库木库勒盆地。库木库勒盆地受中部丘陵带分隔成两个不对称的湖盆。整个保护区面积４·５万平方公里，平均海拔为４５００米。

深居内陆的具体位置，周缘地域严酷的自然条件和高山深壑阻隔使这里人迹罕至，成为地球上少有的空白区之一，中外学术界瞩目的土地。

１９８３年５月，中国政府在面积最大的行政省区新疆维吾尔自治区东南隅建立了世界内陆最大的自然保护区阿尔金山自然保护区，消息一经公布，很快引起国内外的高度重视。１９８６年、１９８７年，世界野生生物基金会、自然与自然资源保护联盟派专家深入到这里考察，他们为苍凉、美丽和奇异的丰饶震惊——当年，这块土地列进了《大英百科全书》，被称为“地球上不可多得的生物地理省”。

保护区极少受人为活动的干扰，接近原始状态的高原生态系统为开展生态学研究提供了理想场所。这里动物资源丰富，表现为种群数量大，密度高，其中以高原有蹄类为甚。与周缘地域相比，这里植物并不贫乏，在发掘植物新物种上具有很大的潜力。这里动物，植物从其种类及分布上充分显示着由中亚荒漠区向青藏高原区过度带的特征，说明了保护区在地理区划中具有重要的地位。

保护区内野生动物种类繁多，其中有蹄类动物３０种、鸟类７９种，昆虫２５０种。数量最多的是高原有蹄类动物，藏羚羊、藏野驴、野牦牛三个物种的数量达６万余头。其余还包括盘羊、岩羊、雪豹、原羚、棕熊猞猁、狼、北山羊、赤狐、兔狲、石貂、香鼬等；鸟类有白雕、玉带海雕、金雕、斑头雁、棕头鸥、黑颈鹤等。保护区内１２种动物被列入国家一类保护动物。保护区内还有高寒植物２６７种，分属３０科８３属，无乔木，只有半灌木，呈现出高原矮化特征。

阿尔金山保护区保存着近乎原始状态的高原生态系统。有三个面积超过１５０平方公里的美丽的湖泊——阿雅克湖、阿其克湖和鲸鱼湖。其中面积约５００平方公里的阿雅克湖每升水中含盐量达１６０多克，接近死海的２００克。在海拔４０００多米的高原上，还分布着１０００多平方公里的沙漠，这是世界上最高的高山沙漠。更为奇特的是，这里还有大片岩溶地貌，这片“高原桂林”形成于距今一亿多年前的侏罗纪，冰川与岩溶的套叠的地貌奇异动人，更是世所罕见。（完）