新华网 正文
华为云首发集成希望组NextDenovo软件,云技术普惠生物科技
2020-07-29 16:15:57 来源: 新华网
关注新华网
微博
Qzone
图集

  历经数十年的发展,如今基因测序技术已经在基础研究、技术研发和临床实践上得到了广泛的应用,据预测,基因测序市场未来五年复合增长率在35%左右,2022年有望突破300亿美元。逐渐完善的检测技术和不断降低的设备成本使基因测序逐渐普及,这一技术对生物科技研究和医学界的影响也越来越大。

  不久前,希望组在Github上线了三代测序数据高效纠错、组装软件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1,面向全球范围开源并为学术研究和其它非商业用途免费开放。据悉,本次希望组发布的NextDenovo最新版不但解决了现有三代测序数据组装工具资源占用大、运行时间长、组装质量不稳定的瓶颈,还实现了单Contig一条染色体和超大型基因组组装的突破,为利用三代数据组装基因组扫清了组装算法的障碍。

  目前华为云基因容器已经率先集成了NextDenovo最新版,用户无需下载源码、编译和安装等复杂过程,可以直接上传脚本进行数据分析,极大简化了使用流程,并且免除了后续资源、应用维护的烦恼。

  华为云推出基因容器服务GCS,助力行业突破瓶颈

  基因测序对密集计算和海量数据处理能力有较高的要求,尤其是随着第三代基因测序技术的研发和广泛应用,数据量较之第二代有了百倍增长,在呈现更加精准的测序结果的同时,也给基因测序企业带来了算力、存储能力等IT资源的压力。基因测序市场的火爆将这一系列问题逐渐放大,成为阻碍行业和技术发展的“绊脚石”。

  2018年,华为云全球推出了以Kubernetes为基础的基因容器服务GCS,将基因测序与容器技术完美地结合在了一起。据悉,基因容器服务GCS是华为云在Kubernetes封装了一层关于基因测序的抽象,让基因行业可以迅速部署和使用容器技术,帮助基因行业的用户提高资源利用率,轻松应对波峰波谷,降低环境搭建的复杂性。

  具体来讲,针对基因行业普遍存在的工具碎片化、开发语言多样、系统维护困难等瓶颈,华为云的基因容器解决方案有“快、省、易、捷”的特点。

  “快”是指极速测序:GCS支持10万容器规模,可以超高并发运行测序分析流程,大幅缩短测序市场,面对大规模并发,得益于高性能容器批量计算平台Volcano的高效任务调度能力,可以避免任务的死锁、减少等待时间,进一步提升测序分析效率;

  “省”来自于华为云的高性价比:算力资源按需、按秒计费,CPU和内存则根据业务诉求灵活配比,避免浪费,有效帮助企业降低成本;

  “易”在于免运维:基于Severless架构的容器服务,集群资源自动化扩缩容,分析流程根据预置规则可以自动化处罚和执行;

  “捷”则体现在华为云带来的一站式服务:将基因测序分析与数据挖掘能力统一到一套流程里面,避免多套系统操作带来的不便。

  基于轻量级的容器技术,GCS结合了大数据、深度学习算法,为测序厂商提供了灵活可定制的测序流程、秒级可伸缩的高可靠资源和便捷一站式用户体验,结合希望组在基因行业内多年来的业务积累,更贴近基因测序行业客户的诉求,让基因测序数据的计算更省、更快、更轻松。

  技术赋能行业,助力基因企业创新发展

  据了解,除希望组外,国内基因行业Top 15的企业中已经有14家采用了华为云的服务。其中,上海其明信息技术有限公司在华为云容器CCI支持下,其基因检测与基因云计算的综合平台GCBI已经完成了25万例基因数据分析和挖掘,协作作出1万多次基于基因信息的临床决策。数据显示,将业务部署在华为云CCI上后,上海其明的实际计算成本降低了30%-50%,实现了K8S和物理资源免运维。

  不仅如此,在AI辅助病理诊断应用开发方面,金域医学病理专家团队与华为云AI团队合作,基于病理形态学,通过深度学习技术,训练出精准、高效的AI辅助宫颈癌筛查模型。该模型在排阴率高于60%的基础上,阴性片判读的正确率高于99%。同时,阳性病变的检出率超过99.9%。

  华为云致力于做智能世界黑土地,以信息技术赋能各行各业,并持续加大研发投入,助力千行百业在5G+云+AI的驱动下实现转型升级。华为云与基因行业的跨界结合帮助基因企业解决了底层技术难题,全力聚焦业务创新,未来也必将极大地加速基因测序等科学技术领域的发展。

【纠错】 责任编辑: 徐一嫣
加载更多
吉林珲春:边境村发展特色乡村旅游
吉林珲春:边境村发展特色乡村旅游
非遗入校园 假期亦快乐
非遗入校园 假期亦快乐
中国西北角:有个村子叫神座
中国西北角:有个村子叫神座
彗星与巨石阵
彗星与巨石阵


010020080870000000000000011121121392487401