书院首任院长由清朝福建的第一位状元林鸿年担任，正谊书院先后培养了叶大焯、陈宝琛、林纾、陈衍、吴曾祺等一批英杰才俊。1905年，书院停办。1913年，福建省图书馆迁入正谊书院原址，在历经百余年风雨沧桑后，2009年在省委省政府的关心重视下，正谊书院于原址重修，现在正谊书院隶属于福建省图书馆。