取消全部自卫航炮之后，和美俄大型轰炸机一样，轰-6K的自卫手段完全依靠机载综合电子战系统。这套系统包括垂尾顶部的雷达告警装置，机头侧面的电子对抗天线，后机身的箔条/热焰弹抛射器和综合电子战设备，以及分布在机身各个方向的导弹迫近告警系统窗口。